Nussinov Algorithm — Step-by-step Explanations
The Nussinov algorithm is an RNA secondary structure (folding) prediction method using a dynamic programming approach. Ruth Nussinov introduced this algorithm in the year 1978. It involves computing a two-dimensional (2D) diagonal matrix with the same sequence at both dimensions. The scores are given based on complementary (1) or non-complementary (0) matches of characters. Matrix solving consists of three stages (i) initialization, (ii) matrix-filling, and (iii) trace-back of arrows for structures.
This video tutorial contains step-by-step explanations to solve Nussinov algorithm. For the matrix filling stage, I have chosen BABA (Basic Algorithms of Bioinformatics Applet) Java applet program for formula calculations and traceback. The BABA tool can be freely downloaded from SourceForge (https://sourceforge.net/projects/baba/).
Alterative Source: https://biogem.org/downloads/software/baba.jar
Command-line: java -jar baba.jar
Blog post: https://www.biob.in/2023/03/rna-secondary-structure-prediction.html
---------------------------------------------------------------------------------------
My Blog: https://www.biob.in
Website: http://www.biogem.org
My Vlog: https://www.youtube.com/AshokKumarBioIT
YouTube Handle: https://youtube.com/@AKBIT
My GitHub: https://github.com/AshokHub
---------------------------------------------------------------------------------------
Background Music:
Music: Little Samba - Quincas Moreira https://youtu.be/56Njy1UOG3U
#BioGem #biogem.org #BioBIN #biob.in #Bioinformatics #AKBIT #Secondary_Structure #Nussinov #BABA #SourceForge #ComputationalBiology
0:10 Nussinov Algorithm - RNA 2° Structure Prediction
0:14 Background of Nussinov Algorithm
0:19 RNA Sequence
0:24 Matrix Initialization
0:29 Matrix Filling
0:34 Matrix Filling - Example
0:39 Pointer Trace Back
0:44 Trace Back - Result
0:49 Step-by-step Explanations
1:00 To run Command Prompt or Windows PowerShell
1:13 Command: java -jar baba.jar
1:42 RNA Sequence: GGGAAAUCC
1:57 Initialization
2:12 Matrix Filling
3:01 Matrix Filling - Pointers
3:37 Trace Back
3:49 RNA 1D (Bracket-notation) Structure
3:53 RNA 2D (Graph) Structure
3:56 Like, Share, and Subscribe
4:01 Thanks for Watching
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Nussinov Algorithm — Step-by-step Explanations», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.