Multi-dimensional image visualization in Python using napari [NEUBIAS Academy@Home] webinar
We introduce napari, a fast, interactive, multi-dimensional image viewer for Python. napari is designed for browsing, annotating, and analyzing large multi-dimensional images. We go through tutorials on the viewer, explaining how to load large imaging datasets and use different napari layers, like shapes, points, and labels to manually annotate them. We show how to use the viewer from jupyter notebooks to interactively develop Python image processing pipelines using libraries like scikit-image. We end by introducing the napari plugin system and demonstrate how to develop your own IO plugin for more easily viewing your datasets in napari.
Material accessible here: https://bit.ly/neubias-napari-2020
00:00 - Welcome and introductory slides
22:49 - Installing napari and today’s lessons
28:18 - Lesson 00_bioimage_visualization.ipynb
46:44 - Lesson 01_manual_annotation.ipynb
1:09:27 - Lesson 02_interactive_analysis.ipynb
1:24:40 - Wrap-up and concluding slides
===========
Authors:
Nicholas Sofroniew, Chan-Zuckerberg Initiative,
Moderators:
Talley Lambert, Harvard, napari core developer,
Kevin Yamauchi, Univ. Basel / FMI, napari core developer,
Rocco D'Antuono, Francis Crick Institute.
===========
All Questions & Answers will available on the image.sc forum, where you can further ask questions in the future
===========
Please fill in the satisfaction survey for this webinar here:
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSeH5DkPQLoZwun6nfgyjRu54Gk_slViGR-VNLQfS4wxs7NPOw/viewform
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Multi-dimensional image visualization in Python using napari [NEUBIAS Academy@Home] webinar», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.