Tutorial 3: Annotate cells for training 3D U-Net
3DeeCellTracker is a deep-learning based pipeline for tracking cells in 3D time lapse images of deforming/moving organs (Wen et al. eLife, 2021).
Original paper: https://elifesciences.org/articles/59187
Data used in this demo: https://osf.io/dt76c/
ITK-SNAP: http://www.itksnap.org/
This tutorial explains how to make annotations of cell regions, which are required when training the 3D U-Net (See Tutorial 1).
0:00 Title
0:05 Make an initial annotation by binarizing the raw image
1:04 Prepare the raw image
1:30 Import the raw image/initial annotation in ITK-SNAP
2:14 Correct the initial annotation
4:48 Save the (incomplete) manually corrected annotation
5:04 Transform the annotation into image sequence
6:09 Confirm the completed annotation
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Tutorial 3: Annotate cells for training 3D U-Net», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.