interactive image segmentation with ilastik
Dominik Kutra, EMBL Heidelberg; Anna Kreshuk, EMBL Heidelberg
I2K 2022 | Workshops #1 (pre-sessions) | May 6th
ilastik is an easy-to-use interactive tool that brings machine-learning-based (bio)image analysis to end users without substantial computational expertise. It contains predefined workflows for image segmentation, object classification, counting and tracking.
In this tutorial, we will focus on the segmentation problem and take a close look at the Pixel Classification, Autocontext and Neural Network workflows. We will train multiple classifiers together by interactively labelling the images, apply them in batch mode. We will also explore how to find and apply pre-trained neural networks from the bioimage.io model zoo.
Pre-Workshop Instructions: Please download the lates beta-version of ilastik (1.4.0b27) for your platform: https://www.ilastik.org/download.html#beta
Also, please have a computer mouse ready.
Keywords: image analysis, segmentation, deep learning, machine learning
0:00 Talk: Introduction to ilastik, Pixel and Object Classification
22:12 Practical: Pixel Classification, creating a project, loading data, basic navigation
24:44 Practical: Pixel Classification, selecting pixel features
28:05 Practical: Pixel Classification, classifier training
47:45 Practical: Pixel Classification, exporting data
53:17 Practical: Object Classification
54:21 Practical: Loading ilastik hdf5/h5 files in Fiji
55:41 Practical: Object Classification, creating a project, loading data
56:40 Practical: Object Classification, thresholding, size filter
58:39 Practical: Object Classification, selecting object features
1:01:39 Practical: Object Classification, classifier training
1:05:22 Practical: Object Classification, exporting data
1:07:56 Talk: more ilastik workflows: Carving, Counting, Tracking, Deep Learning with Neural Network Classification, Boundary-Based Segmentation
1:25:40 Practical: Neural Network Classification Workflow
1:31:26 Practical: Boundary-based Segmentation with Multicut Workflow
1:40:22 Practical: Running ilastik Pixel Classification from Fiji
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «interactive image segmentation with ilastik», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.