AutoDock Vina Tutorial
This is a video tutorial on small organic molecule docking and virtual screening using AutoDock Vina. Here I discuss the protocol and how to use AutoDock Vina using my setup.
I made the mistake of referring to the value of the binding between the receptor and the ligand as "binding" while I was supposed to use the term "affinity", apologies I did not rehearse the video and only realised my mistakes after editing and watching the video.
00:00:00 Intro
00:02:18 Setup
00:05:45 Clean structure
00:06:26 Convert to .pdbqt
00:11:52 Identify the search box
00:20:19 ZINC15 ligand download and convert to .pdbqt
00:29:55 Segment ligands
00:35:15 PBS HPC job file
00:42:34 Download AutoDock Vina
00:44:45 Run docking on a local computer
You can find the AutoDock.py script here: https://github.com/sarisabban/Notes/blob/master/AutoDock.py
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «AutoDock Vina Tutorial», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.