Single Cell data analysis tutorial on PBMC dataset using scanpy - Part1
In this video, we will go through standard steps to analyze a single-cell RNA sequencing dataset (PBMC) from 10X Genomics using the #scanpy package.
Jupyter notebook is available at: https://github.com/ramadatta/Youtube/blob/main/scanpy/PBMC_data/SC_Analysis_v1.ipynb
We cover the following sections:
1) Download public available PBMC dataset from 10X genomics website
2) Loading the gene count matrix (cell ranger output) into AnnData object
3) What:
- is AnnData object? Different components of AnnData object
- Section 1: Summary of AnnData object
- Section 2: Inspection of newly created AnnData object
4) Section 3: Quality Control on AnnData object
5) Section 4: Filtering cells and genes
6) Section 5: Normalization of data
7) Section 6: Finding Highly variable genes
8) Section 7: Scaling the data
9) Section 8: Perform PCA analysis
10) Section 9: Finding Neighbors
11) Section 10: Running UMAP and Visualization
To get in touch:
Twitter: https://twitter.com/prakki_rama
Github: https://github.com/ramadatta
LinkedIn: https://sg.linkedin.com/in/prakki-sai-rama-sridatta-data
#bioinformatics #scanpy #python #singlecell #genomics #beginners #anndata
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Single Cell data analysis tutorial on PBMC dataset using scanpy - Part1», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.