ImageJ Z-stack Batch Processing For Research
In this video I show how to use ImageJ to do Z stacking with LSM files in batch. This Java program is very popular amongst researchers dealing with images.
The problem we are trying to solve is the following:
1) Generate 3 Max-Intensity Z-Stack ([0-5],[6-10] and [11-15]), merge the red and green file then save as RGB.
2) Also, allow for batch processing of many files.
The tools we are going to use to solve that is ImageJ (which you can download here: https://imagej.nih.gov/ij/download.html).
We will be using FIJI which is ImageJ with more scripting power (which you can download here: http://fiji.sc/#download).
From the ImageJ doc:
"ImageJ is an open source image processing program designed for scientific multidimensional images. ImageJ is highly extensible, with thousands of plugins and scripts for performing a wide variety of tasks, and a large user community."
Documentation for function in ImageJ: https://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html#S
Sample data if you want something to work on: https://loci.wisc.edu/software/sample-data
I strongly recommend people who want to learn ImageJ in depth to take a quick programming course on Java programming!
ImageJ is built in Java, so knowing how the Java syntax work will greatly facilitate the learning.
Here a course: https://www.coursera.org/learn/java-programming (a bit long).
Here is another one : https://www.codecademy.com/learn/learn-java (super fast to do).
----
Join the Discord for general discussion: https://discord.gg/QpkxRbQBpf
----
Follow Me Online Here:
Twitter: https://twitter.com/CodeThisCodeTh
GitHub: https://github.com/yacineMahdid
LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/yacine-mahdid-809425163/
Instagram: https://www.instagram.com/yacine_mahdid/
___
Have a great week! ?
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «ImageJ Z-stack Batch Processing For Research», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.