Bioconductor Docker Images For Multi-Node Parallel Computing On The Cloud
Nitesh Turaga, with Dana Farber Cancer Institute, gave a workshop at the BioConductor Conference 2022. Turaga’s workshop was on Bioconductor Docker Images For Multi-Node Parallel Computing On The Cloud.
From the Bioconductor Conference 2022
Author(s): Nitesh Turaga
Affiliation(s): Dana Farber Cancer Institute
Bioconductor produces docker images that are widely used because they containerize system dependencies of all Bioconductor packages along with the community version of RStudio. Using Kubernetes, a container orchestration software, it is now possible to deploy these docker images on a cluster and use them for multi-node parallel computing. In this workshop, we introduce commands to launch such a cluster on a cloud provider (Google, Azure, AWS) and use a new BiocParallel back-end called 'RedisParam' to distribute jobs from the manager to the workers. In addition, the paradigm creates a traditional parallel computing framework on the cloud using the same containerized applications available to experiment with on local machines. The advantage of such a cluster launched by Kubernetes is fault tolerance and the potential of auto-scaling. Prequiresites: Some familiarity with BiocParallel and Bioconductor docker images.
Workshop details
https://bit.ly/cloud-parallel-computing-bioc2022
Source code
https://github.com/nturaga/bioc-k8s-cluster.git
More Resources
Bioconductor Conference Site: https://bioc2022.bioconductor.org/
BioC2022 Github: https://github.com/Bioconductor/BioC2022
Main Site: https://www.r-consortium.org/
News: https://www.r-consortium.org/news
Twitter: https://twitter.com/Rconsortium
LinkedIn: https://www.linkedin.com/company/r-consortium
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Bioconductor Docker Images For Multi-Node Parallel Computing On The Cloud», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.