Network visualization tutorial: PPI import, data import, coloring, network clustering, and layout
A bioinformatics tutorial on network visualization of omics data using Cytoscape and several Cytoscape apps. I first show how to retrieve a large physical protein interaction network from STRING by using stringApp to query with the proteins from an omics spreadsheet and adjust the graphical view of the network. I then show how to import the omics data itself and visualize it on the network before performing clustering and layout. I recommend that you watch my brief introductions to Cytoscape (https://youtu.be/Ohf9IPUJ82w) and stringApp (https://youtu.be/MXmzXxNqmnI) before watching this tutorial.
0:00 Introduction: network visualization of omics data and overview of the tutorial
0:59 Dataset: Overview of the omics dataset and retrieval of physical interaction network through stringApp
1:45 Network graphics: show graphics detail and network styling via the STRING panel
2:10 Data import: importing the omics data and visualizing it on the network using a color palette
3:00 Clustering and layout: MCL clustering of the network with clusterMaker2 and improving its layout with yFiles Layout Algorithms
Hands-on exercises on Cytoscape stringApp are available at https://jensenlab.org/training/stringapp/
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Network visualization tutorial: PPI import, data import, coloring, network clustering, and layout», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.