Tutorial for ThorAxe: https://github.com/PhyloSofS-Team/thoraxe
Assessing Conservation of Alternative Splicing with Evolutionary Splicing Graphs.
For installation instructions, please refer to the documentation:
https://phylosofs-team.github.io/thoraxe/installation.html.
Requirements for dependencies can be found here:
https://github.com/PhyloSofS-Team/thoraxe/blob/master/requirements.txt
Commands used in the tutorial session:
1) Get gene annotations from Ensembl for the gene MAPK9 in a list of species
transcript_query MAPK9 -l species.txt
2) Run ThorAxe with default parameters
thoraxe -i MAPK9 -o MAPK9 -y -l species.txt
3) Visualise the Evolutionary Splicing Graph with Cytoscape
Hierarchical Layout
Node: Fill Color - Conservation - Continuous Mapping
Node: Label Color - white
Node: Label Font Size - 30
Edge: Stroke Color - Transcript Fraction - Continuous Mapping
Edge: Width - Transcript Fraction - Continuous Mapping
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Tutorial for ThorAxe: https://github.com/PhyloSofS-Team/thoraxe», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.