Bioinformatics How to read FASTA files with Python and Biopython Tutorial
How to solve Rosalind Bioinformatics of reading FASTA files using Python and Biopython? In this Bioinformatics for beginners tutorial with Python video I am going to show you how to read and parse FASTA files using Biopython. We will see what exactly FASTA file is, and how to read it using parse() functionality. Then we are also going to show SimpleFastaParser which offers faster reading of sequence files and do performance comparison between these two methods.
Chapters:
0:00 Intro
0:09 What is Biopython?
0:43 What is FASTA file format?
1:20 Biopython SeqIO package
1:55 Biopython parse()
2:16 Working with big FASTA files
3:02 parse vs SimpleFastaParser
3:33 Exercise
4:08 Outro
You can find code and Medium article connected to Reading FASTA files here:
Github code: https://github.com/lanacaldarevic/rosalind/blob/main/reading_sequence_files/fasta.ipynb
Medium article: https://clana.medium.com/bioinformatics-101-reading-fasta-files-using-biopython-501c390c6820
My channel is aimed at everyone interested in Computer Science applications in biology. The mission is to simplify Bioinformatics concepts, one video at a time! Stay productive!
Follow me on Twitter: https://twitter.com/lana_caldarevic
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Bioinformatics How to read FASTA files with Python and Biopython Tutorial», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.