Kolmogorov Complexity for DNA Sequences Analysis in Python
Analyzing the complexity of DNA sequences using Kolmogorov Complexity is not difficult. However, it requires some background which I will present in this thorough tutorial ?!
# Table of Contents
Introduction: 00:00
What is a DNA Sequence?: 03:35
Kolmogorov Complexity: 06:20
Paper Walkthrough: 09:31
Lempel-Ziv Complexity: 14:03
Data Pipeline Overview: 17:20
Code Walkthrough: 20:44
Spatial Complexity Graph: 31:04
Read the paper yo: 34:11
Conclusion: 35:15
✍️ Blog post for this video can be found here: https://www.yacinemahdid.com/kolmogorov-complexity-to-compress-dna-sequences-using-python/
# Kolmogorov Complexity
In a nutshell, the kolmogorov (K) complexity is simply the size of the shortest program that can produce the desired object.It can be approximated by Lempel-Ziv complexity!
# Lempel-Ziv
Lempel-Ziv complexity stems directly from the LZ type of lossless compression algorithm, where the two popular ones are LZ77 and LZ78.
Basically, to get LZ complexity you just need to take these algorithms and pop-off the saving of the compressed information (i.e. which in practice is a bit overkill since even with the compression information we get a good upper-bound on the K complexity).
LZ77 youtube video recommendations: https://www.youtube.com/watch?v=goOa3DGezUA
# Credit
I've used this beautiful video of the DNA modelization: https://www.youtube.com/watch?v=7Hk9jct2ozY&t=6s
It's from WEHImovies, check out there stuff!
----
Join the Discord for general discussion: https://discord.gg/QpkxRbQBpf
----
Follow Me Online Here:
Twitter: https://twitter.com/yacineaxya
GitHub: https://github.com/yacineMahdid
LinkedIn: https://www.linkedin.com/in/yacine-mahdid-809425163/
Instagram: https://www.instagram.com/yacine_mahdid/
___
Have a great week! ?
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Kolmogorov Complexity for DNA Sequences Analysis in Python», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.