Making Manhattan plots in Python
A deep dive into making Manhattan plots in Python. Starting with a raw GWAS data file we cover data processing, drawing charts, choosing palettes, highlighting regions and individual points, and making small multiple plots. Packages used: Jupyter, pandas, numpy, seaborn, matplotlib, adjustText.
Time stamps:
Reading in the data file 7:55
Calculating negative log P and coordinates 11:42
Drawing charts 22:21
Setting custom X ticks and labels 32:32
Controlling color 38:05
Highlighting regions/points 39:25
Multiple Manhattan plots 47:25
Annotating points 49:39
Useful links:
The finished Jupyter notebook - use this if you want to run this code on your own dataset: https://github.com/mojones/video_notebooks/blob/master/Manhattan%20plots%20in%20Python.ipynb
The Wikipedia page for Manhattan plots : https://en.wikipedia.org/wiki/Manhattan_plot
The Nature paper from which we took the data: https://www.nature.com/articles/s41588-018-0309-3 and the SciHub link : https://sci-hub.tw/https://doi.org/10.1038/s41588-018-0309-3
The SSGAC page where the data files are linked: https://www.thessgac.org/data and a direct link to the data file: https://www.dropbox.com/s/dxfr1uq20wbdj1d/AUTOMOBILE_SPEEDING_PROPENSITY_GWAS.txt?dl=0
The Biological data exploration book: https://pythonforbiologists.com/biological-data-exploration-book in which everything is explained in detail
Subscribe to the Python for Biologists newsletter; https://pythonforbiologists.com/newsletter to get updates about other useful stuff
Follow Python for Biologists on twitter: https://twitter.com/pythonforbiolog for more useful links
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «Making Manhattan plots in Python», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.