EMBL-EBI programmatically: sequence analysis tools
Providing access to core analytical tools and protein and nucleotide sequence databases is central to the EMBL-EBI’s mission. Tools such as InterProScan, BLAST+, PSI-SEARCH, Clustal Omega and HMMER3 are but a few of more than 60 sequence analysis tools accessible using SOAP and RESTful API Web Services. There are client applications written in a variety of languages including Python, Perl and Java for many of these tools which can be integrated directly into your bioinformatics pipelines.
This webinar took place on 18th July 2017. It introduces these client applications and demonstrates how they can be used to form simple but effective workflows. It focuses on clients that demonstrate the RESTful API to tools such as blast+ and Clustal Omega, and data retrieval tools such as dbfetch.
This webinar is for anyone familiar with running bioinformatics tools from the command-line (Linux terminal, Windows CMD or PowerShell).
The webinar includes:
- An introduction to EMBL-EBI tools RESTful clients (0:50)
- Where to get the clients (2:52)
- How to run the clients (5:43)
- How to run a simple pipeline manually using a shell script and CWL (14:05)
- Where to get help and support (20:31)
You can download the slides an example scripts in Train online.
http://www.ebi.ac.uk/training/online/course/embl-ebi-programmatically-take-rest-manual-searches/sequence-analysis-tools-programmatically
Want to know more about accessing EMBL-EBI resources programmatically? Have a look at the other webinars in this series.
https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/embl-ebi-programmatically-take-rest-manual-searches
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «EMBL-EBI programmatically: sequence analysis tools», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.