How to download sequencing data from SRA NCBI | Bioinformatics 101
This is a basic hands-on tutorial to download sequencing data from SRA NCBI using SRA Toolkit.
In this video, I have demonstrated how to download and configure SRA Toolkit and download sequencing data associated with GSE183947.
Link to GSE183947:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE183947
Link to download SRA Toolkit :
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
Link to install SRA Toolkit:
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit
Link to configure SRA Toolkit:
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/03.-Quick-Toolkit-Configuration
Link to additional resources:
1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/submitmeta/
Chapters:
0:00 Intro
2:19 Get SRR# ids
5:34 Download SRA Toolkit
7:50 Configure SRA Toolkit
10:00 Download fastq files
Show your support and encouragement by buying me a coffee:
https://www.buymeacoffee.com/bioinformagic
To get in touch:
Website: https://bioinformagician.org/
Github: https://github.com/kpatel427
Email: [email protected]
#bioinformagician #bioinformatics #sra #ncbi #genomics #beginners #hands-on #tutorial #howto #omics #research #biology #GEO #rnaseq #ngs
Что делает видео по-настоящему запоминающимся? Наверное, та самая атмосфера, которая заставляет забыть о времени. Когда вы заходите на RUVIDEO, чтобы посмотреть онлайн «How to download sequencing data from SRA NCBI | Bioinformatics 101», вы рассчитываете на нечто большее, чем просто загрузку плеера. И мы это понимаем. Контент такого уровня заслуживает того, чтобы его смотрели в HD 1080, без дрожания картинки и бесконечного буферизации.
Честно говоря, Rutube сегодня — это кладезь уникальных находок, которые часто теряются в общем шуме. Мы же вытаскиваем на поверхность самое интересное. Будь то динамичный экшн, глубокий разбор темы от любимого автора или просто уютное видео для настроения — всё это доступно здесь бесплатно и без лишних формальностей. Никаких «заполните анкету, чтобы продолжить». Только вы, ваш экран и качественный поток.
Если вас зацепило это видео, не забудьте взглянуть на похожие материалы в блоке справа. Мы откалибровали наши алгоритмы так, чтобы они подбирали контент не просто «по тегам», а по настроению и смыслу. Ведь в конечном итоге, онлайн-кинотеатр — это не склад файлов, а место, где каждый вечер можно найти свою историю. Приятного вам отдыха на RUVIDEO!
Видео взято из открытых источников Rutube. Если вы правообладатель, обратитесь к первоисточнику.